Chris Redfield, membre de l'organisation B.S.A.A, infiltre un manoir mystérieux appartenant à une organisation impliquée dans la vente illégale d'armes.
Son investigation le mène à Glenn Arias, un criminel activement recherché par Interpol. Chris découvre quelque chose de choquant et Arias parvient à s'enfuir.

De son côté, Rebecca Chambers, appartenant auparavant à l'unité S.T.A.R.S de la police de Raccoon City, et désormais devenue professeur d'université, fait des recherches sur un incident bizarre durant lequel "les morts ont ressuscités en quelque chose de plus sinistre".

Son enquête l'amène finalement à découvrir un nouveau virus et à développer avec succès un vaccin.
Mais son laboratoire subit une attaque et elle ne doit sa vie de justesse qu'à l'intervention de Chris et du B.S.A.A.

Suite à cette attaque, Chris et Rebecca décident de demander l'aide à Leon S. Kennedy, membre de l'unité gouvernementale américaine D.S.O, car ce dernier possède l'expérience nécessaire pour affronter cette situation.

Et donc Chris et Leon collaborent une fois de plus.

Tous deux sont persuadés que Arias cherche à déclencher une attaque terroriste biologique de grande échelle.
Avec Rebecca, ils partent en direction de New York pour tenter de l'arrêter et sauver l'humanité.